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熊本大学大学院社会文化科学教育部は、グローバル化が進む現代社会のニーズ、地域に根ざしつつ世界に開かれた国立大学としての使命、総合大学としての本学の知的資源等を踏まえて、人文社会科学および教授システム学などの知識とこれらを基盤とした実践知を駆使し、地域や行政・企業の多様な場で中核的人材として活躍する高度専門職業人を養成する「専門職／実践コース」と、学際領域を含む諸学の研究教育拠点として、日本の学術を牽引し、世界の知の発展に貢献する研究を推進し、それを担う研究者を養成する「研究コース」を明示的に分節化し、明確な人材養成目的と体系的カリキュラムを持つ教育プログラムを有しています。

本センターは、熊本大学の前身である第五高等学校（第五高等中学校）ゆかりの夏目漱石及び小泉八雲に関して、その熊本時代のオリジナル資料等の調査研究を含めた総合的な研究を通じて当該資料に立脚した拠点的研究を組織するとともに、その研究成果を出版物刊行及び文化行政機関との連携により市民講座・セミナー・フォーラムを開催して定期的に発信することで地域の文化振興に貢献し、人文社会科学系分野の研究及び文化振興の発展に寄与する人材の育成に資することを目的としています。

国際的研究拠点形成と成果の国際発信（研究）、現代文化資源研究開発人材の育成（教育）、アーカイブ化による地域文化資源開発（社会貢献）を三本柱に、マンガを中心とするメディア芸術を対象とした研究の拠点を整備することで、産官学連携による「マンガ県くまもと」構想の中核的役割を担うと同時に、国内外のメディア芸術・現代文化研究をリードするような研究機関となることを目指しています。

永青文庫研究センターは、永青文庫資料をはじめとする熊本藩関係資料の総合的な研究を通じて当該資料に立脚した拠点的研究を組織するとともに、文化行政機関等との連携によって地域文化振興に貢献し、もって熊本大学の教育、研究及び社会貢献活動の充実発展に寄与することを目的としています。

熊本大学の各キャンパスは、ほぼすべてが埋蔵文化財の包蔵地に指定されており、黒髪町遺跡（黒髪地区）、本庄遺跡（本荘地区）、大江遺跡（大江地区）などをはじめ、縄文時代から近世にかけて計8遺跡が存在しています。

これらの遺跡は平成5年に決定した大学の現地再開発事業によって、破壊の危機にさらされています。そこで、遺跡の調査（記録保存）を目的として、平成6年に熊本大学埋蔵文化財調査委員会および熊本大学埋蔵文化財調査室が設置されました。その後、平成23年10月1日に学内共同教育研究施設として位置づけられ、組織名称が「熊本大学埋蔵文化財調査センター」となりました。

熊本大学附属図書館は、学術情報基盤としての不可欠な資料を収集・保管し、教育・研究環境の充実に努めるとともに、学内外の利用者に対して、効果的に提供することを目指します。